活性酵素和小分子肽是两种完全不同的生物大分子，它们在结构、功能和应用方面都存在很大的差异。最后在应用方面，活性酵素广泛应用于食品加工、制药等领域。例如酶制剂可以促进食品的发酵和降解有害物质；酶还可以用于制药工业中的制剂制备和分离纯化等方面。

而小分子肽则被广泛应用于新药开发、生物医学等领域。小分子肽可以被设计成高度特异性的靶向药物，具有更好的渗透性和更长的半衰期，因此在治疗癌症、炎症等疾病方面具有很大的潜力。

综上所述，活性酵素和小分子肽是两种不同类型的生物大分子，在结构、功能和应用等方面都存在显著差异。对于科学家和研究人员来说，了解它们之间的差异非常重要，这有助于更好地挖掘这些生物大分子的潜力，推动它们在各个领域的更好应用。